Det er ikke ubegrundet, at Boston har fået tilnavnet »Athens of America«. Verdens bedste universiteter ligger her, og de cirka 100 forskellige universiteter, byen huser, har tilsammen over 250.000 studerende. Så da vi sidste sommer kom på den tanke, at det kunne være spændende at lave et forskningsprojekt i udlandet, virkede Boston som et oplagt sted.

Hvorfor ikke tage et prægraduat forskningsår i udlandet?

Origami T-Rex på MIT.

Tanken opstod, mens vi begge var i gang med at undersøge mulighederne for forskningsprojekter i forbindelse med vores medicinstudie i Odense. Pludselig dukkede ideen om at søge i udlandet op.

Vi gav os derfor til at surfe rundt på nettet og på PubMed efter laboratorier, der arbejdede inden for de områder, vi gerne ville forske i. Og når vi nu alligevel skulle prøve lykken, hvorfor så ikke satse højt og forsøge os med et par professorer på Harvard og MIT?

Hvo intet vover, intet vinder!

Vi skrev begge til tre professorer og havde efter et par uger uden svar indstillet os på, at det hele nok var en kende optimistisk. Derfor skulle man også lige kigge to gange, da der pludselig en dag lå et positivt svar i ens indbakke. Begge professorer, vi fik svar fra, ville gerne ringe sammen med os for at få alle de praktiske ting på plads og formentlig også for at tjekke, at vi var nogenlunde normale, før de sagde endeligt ja.

Lynhurtigt

Glæden var stor, da det stod klart, at vi begge kunne komme af sted og starte på vores projekter allerede til februar i år.

Dette gav os knap et halvt år til at arrangere alt det praktiske omkring vores ophold.

Det kan ikke anbefales.

Et halvt år går lynende hurtigt, når man ved siden af studierne skal nå at skrive projektbeskrivelse, søge scholarstipendiat, visum, flybilletter, bolig osv. samt forsøge at læse op på det emne, man skal forske i.

Heldigvis fik vi stor hjælp fra vores to vejledere, professor Torben Barington og lektor Morten Meyer, samt fra dekan Ole Skøtt.

Spændende embryologi

Et halvt år senere var alting på magisk vis gået op i en højere enhed, og vi ankom til et snedækket Boston.

De første par måneder gik med at lære de nødvendige teknikker og spore os nærmere ind på, hvad vores projekter skulle indeholde. I forhold til at lave et klinisk projekt bruger man en del mere tid i opstartsfasen på oplæring, når man skal lave et rent biomedicinsk projekt.

Til gengæld er det spændende at forsøge sig med nogle af de metoder, vi ellers kun læser om, såsom PCR, immunocytokemiske farvninger, FACS sortering, og at få lov at lave noget konkret arbejde, som man hurtigt kan se resultaterne af.

I starten var der dog meget, der ikke virkede, og meget man kunne blive frustreret over.

Det gik heldigvis hurtigt med at lære alting og komme godt ind i emnet, og pludselig tog man sig selv i at synes, at ting som embryologi og histologi var spændende – en situation, man på de første år af medicinstudiet ville have forsvoret, var mulig.

Forskning på topplan

Opholdet har givet et fascinerende indblik i, hvordan forskning på topplan foregår i USA.

Ambitionsniveauet er højt, og der arbejdes meget.

Det hele kan godt virke intimiderende, men så føles det ekstra fedt, når man opdager, at man godt kan være med.

Der kan være brede rammer for, hvad man må give sig i kast med, og man bliver belønnet for initiativer, der fører ens projekt frem. Det betyder også, at man til tider står alene med ansvaret, hvorfor det er vigtigt, at man har god kontakt til vejledere derhjemme og et godt forhold til kollegaerne i laboratoriet.

Harvard og MIT

Boston er også en enormt stimulerende by at bo i.

Det store antal universiteter gør, at der altid er masser af spændende foredrag og skøre konferencer, og når man tager i byen, møder man folk fra hele verden, der forsker i alt fra stamceller til oceanografi og rocket-science.

Folk er meget åbne og lette af snakke med. Harvard og MIT har været inspirerende steder at studere, og vi kan varmt anbefale, at man prøver lykken og laver et prægraduat forskningsprojekt i Amerika.

—

Gode råd

Optakt

Find de bedste laboratorier. Hvad er det egentlig, du gerne vil forske i? Besøg PubMed, læs artikler og hold særligt øje med, hvilke grupper der er stærke inden for dit interesseområde.

Forøg dine chancer ved at få erfaring hjemmefra. Plej dit CV. De lange sommerferier vi har på studiet, er som skabt til at lave mindre projekter, hvor du kan få erfaring og udtalelser.

Begynd nu. Du kan undgå meget stress ved at starte et års tid i forvejen.

Ansøgningen
Du har fundet forskellige laboratorier, du gerne vil arbejde i – de ligger sjovt nok alle på Harvard, men sådan er tilfældighedernes spil jo engang. Hvad nu?

Brev til professoren. Formuler en kort og koncis e-mail. Vedhæft dit CV og udtalelser. Mange amerikanske forskere får et hav af mails fra folk, der gerne vil arbejde i deres laboratorier, så du har cirka en sætning til at fange deres interesse. Dit bedste argument er højst sandsynligt, at du selv sørger for finansiering. Gør dette klart i mailen. Herefter kan uddybe din interesse i deres forskning. Forklar, at du gerne vil tale nærmere med dem om muligheden for at lave din »master thesis« i deres gruppe.

CV. Dette kan indeholde:

1. En beskrivelse af din hidtidige uddannelse og forventet dato for din »M.D.«-grad. Den medicinske bachelorgrad findes ikke i USA. SDU kalder den »B.Sc.med.« og har en engelsksproget beskrivelse, som man kan vedhæfte.
2. Din erfaring fra forskning, undervisning og andre relevante ansættelser. Vi beskrev desuden, hvor mange timer og hvilke teknikker vi havde arbejdet med.
3. Publikationer, såsom artikler, abstracts, posters, ja selv læserbreve i Ugeskriftet. Skriv alt på.
4. Co-curriculære aktiviteter. Er du medlem af Sundhedsvidenskabelige Studenterforskere? Hvis ikke, så meld dig ind fluks og skriv det på CV’et.

Udtalelser. I USA sender man normalt tre udtalelser fra tidligere laboratorier, man har arbejdet i, med ens ansøgning, men to virkede for os.

Samtalen

Samtalen. Der bliver lagt vægt på, om du virker interesseret og kan stille relevante spørgsmål. Hvorfor du netop er interesseret i dette område og i deres gruppe? Hvad er din holdning til at komme på et andet tidspunkt eller i et andet tidsrum? Professorer i USA omtales Dr. Efternavn.

Dette er din mulighed for at høre nærmere om laboratoriet, og hvad de forventer af dig. Arbejder alle i gruppen på det samme projekt, eller kan du udvikle dit eget? Er der mulighed for at arbejde tæt sammen med en post.doc i gruppen? Understreg, at grunden til, du kommer, er for at lave din master-thesis.

Breve og indbydelse. Hvis samtalen går godt, skal du nu sørge for to ting:

1. Et officielt invitationsbrev fra professoren.
2. Et såkaldt DS-2019 certifikat af universitetet.

Disse to breve skal du have, inden du kan søge visum til USA.

SDU’s krav

Find en dansk vejleder og ansøg SDU. Du skal finde en vejleder ved enten SDU eller OUH og søge om optagelse på den prægraduate forskningsuddannelse.

For os har de danske vejledere været en uundværlig ressource. Det betyder meget at kunne diskutere dit projekt, frustrationer og data med en dansk vejleder undervejs.

Læs mere om den prægraduate forskningsuddannelse på: http://goo.gl/xpr9k

Økonomi

2500 dollars pr. måned. Overfor Harvard og MIT skal man kunne bevise, at man har adgang til dette beløb, før de vil sende én det nødvendige DS-2019 certifikat. For at få sat denne proces hurtigt i gang fik vi hjælp fra vores bank, der skrev, at de var villige til at låne os store dele af beløbet samt af SDU.

Budget. Lav et budget med henvisninger til de valgte udgifter. Vores bestod af logi, kost, forsikring, lokal transport, flyrejser, visum udgifter og uforudsete udgifter. I alt i alt cirka 180.000 kroner.

Fonde og legater. Kig efter scholar-stipendier, der typisk er på 10.000 kroner om måneden, for eksempel fra Novo, Lundbeck og Det Fri Forskningsråd. Derudover findes der en række fonde som Otikon, Knud Højgaard, Augustinus, COWI, A.P. Møller, Harboe fondene.

SDU slår løbende legater op på http://goo.gl/kLKaP, og som studerende på SDU kan du få adgang til en lang række legat-opslag gennem researchprofessional.com

Du kan søge penge ved ekskursionskontoen på SUND og ved SDU’s internationaliseringspulje.

Ansøgninger. Disse kan med fordel indeholde; motivationsskrivelse fra dig eller din vejleder, projektbeskrivelse, budget, invitation til det amerikanske laboratorium, CV, publikationsliste og eventuelt anbefalinger og karakterer. Det Frie Forskningsråd har i deres vejledning for ansøgninger en god forklaring på, hvad en projektbeskrivelse bør indeholde. Se http://goo.gl/x0g1d

Visum

Non-immigrant, exchange visitors program (J-1) visum. Det hedder det visum, du skal ansøge ved den amerikanske ambassade i København. DS-2019 formen er din billet til at få dit visum. Husk at booke dit møde med ambassaden i god tid og betal de nødvendige gebyrer.

Læs mere om hele processen på: http://goo.gl/P8paC

Opholdet

Forsikring. For at komme ind i landet kræver USA, at du har en sundhedsforsikring. I stedet for at købe forsikringen gennem et amerikansk universitet, brugte vi StudenterForsikring.dk, da de også dækker indbo og er væsentligt billigere.

Lejlighed. Der findes mange såkaldte »furnished« (møblerede) lejligheder. Kig på craigslist.org eller undersøg om dit nye universitets internationale afdeling kan hjælpe dig på vej.

Skat og SU. Et prægraduat ophold i USA er ikke SU-berettiget og falder dermed heller ikke under den pulje, staten giver til internationale ophold. Vi var begge skattepligtige i Danmark, hvilket viste sig at være udmærket, idet der er en række skattefritagelsesregler, der gælder for forskning i udlandet, og såfremt man er ude af landet i over 180 dage. Forvent dog, at du kan komme til at bruge en del tid – cirka seks måneder – på at forklare reglerne for Skat’s egne medarbejdere.

Hvordan laver man nu det?

Jeg har før leget med open-source programmet R. Det er gratis og indeholder temmelig omfattende statistiske og grafiske egenskaber.

I dette eksempel tager jeg udgangspunkt i offentlig tilgængelig data fra Vanderbilt Univeristy om prostatakræft. Datasættet kan hentes her.

Advarsel: jeg er ikke programmør, og der er sikkert mange mere korrekte måder, at gøre alle disse ting på, men omvendt viser jeg det så simpelt her, at alle kan gøre det. Yderligere: man kan ikke drage nogle videnskabelige konklusioner fra eksemplerne her.

Gennemse data

Man kan få data ind i R på mange måder (beskrevet i stor detalje her) men det letteste er nu, at starte med at åbne bruge Excel til at ordne dine data og herefter gemme filen som en komma-separeret fil (en såkaldt csv fil).

Det er en god ide at checke filen igennem. Fx vil jeg gerne sammenligne ”sz” kolonnen med ”sg” kolonnen. Sz er størrelsen af tumoren og sg er en kombineret værdi af tumorens stadie, baseret på den kliniske undersøgelse og en vævprøve fra tumoren. Er der med andre ord en sammenhæng mellem størrelsen af prostata og alvoren af tumoren? Det er vigtigt at kigge rækkerne igennem – for en del patienter er der ikke data i de to rækker og det får R til at opføre sig underligt. For nemhedens skyld har jeg derfor bare slettet disse og gemt filen i csv-formattet.

Prostata.csv på nu gemt på mit skrivebord. Inden vi går rigtigt i gang er det en god ide, at åbne filen med et simpelt tekstprogram som TextEdit på Mac eller Notepad i Windows og gennemse den – fx gemmer min version af Excel data med et semikolon (;) som separator, ikke et komma. Det er vigtigt at vide når vi skal indlæse data i R.

Her kan man også se, at den øverste linie indeholder ”kolonne-navnene”, og de resterende linier indeholder data for godt og vel 500 patienter. En patient pr. linie. På Vandebilts hjemmeside kan man se en oversigt over hvad de forskellige forkortelser i filen står for.

Indlæs data i R

Herefter skal R startes op. Jeg vil anbefalde at du laver et nyt dokument og skriver alt din kode ind i denne fil og herefter copy-paster koden over i selve R programmet. Koden eksekveres bare ved at trykke på enter.

Vores datasæt kan indlæses i R med:

prostata <- read.table("/Users/Barnkob/Desktop/prostate.csv",
as.is = TRUE,
header = TRUE,
sep = ";",
row.names = 1
)

Her indlæses filens værdier til ”prostata” med funktionen read.table. <- er måden hvorpå vi binder data til en variable. Funktionen read.table laver selve arbejdet og læser vores fil – den har forskellige kommandoer, der sættes i parentesen og som man kan ændre på. Kommandoerne er adskilte af kommaer.

Den første kommando fortæller hvor filen er gemt. Header = TRUE fortæller funktionen at den første linie i csv-filen er kolonne-navnene. Sep = ; fortæller at de enkelte data i filen er afskilt af et semikolon – her kunne du også skrive , (komma) eller hvad der ellers adskiller data. Row.names = 1 fortæller at den første række (row) skal være den enkelte rækkes id. Hvis du vil vide mere om read.table funktionen kan du i R skrive:

help(read.table)

Prøv nu at skriv ”prostata”. I vinduet burde der nu komme en liste med alle informationerne i.

Hvis du bare vil have data fra en kolonne kan du skrive prostata$sz fx. Hvis du bare vil se de første fem værdier, kan du skrive prostata$sz[1:5].

Grafer

Nu da vi har indlæst data i R, er det let at laver grafer med det. Prøv fx at skrive:

plot(prostata$sz ~ prostata$sg)

Beeswarm er en tillæggesfunktion til R, der er lavet af Aron Eklund fra DTU. Første gang du bruger den skal den installeres med:

install.packages("beeswarm")

Du bliver nu bedt om en server at hente funktionen ned med. Vælg en i Danmark eller en langt væk. Det er vist godt det samme.

Først gang vi bruger funktionen, skal den indlæses i R med funktionen:

library(beeswarm)

Nu kan vi lave en ”beeswarm” med vores data:

beeswarm(prostata$sz ~ prostata$sg,
data = prostata,
method = "square",
log = FALSE,
pch = 16,
col = rainbow(11),
main = 'Stoerrelse og stadie',
xlab = 'Stadie',
ylab = 'Stoerrelse af primaere tumor'
)

Beeswarm

I R kan man koble flere forskellige grafer ved at indlæse en graf-funktion, der har kommandoen ”add = TRUE” tilføjet. Så nu kan vi indlæse boxplot funktionen med samme data, således at hele koden ser således ud:

beeswarm(prostata$sz ~ prostata$sg,
data = prostata,
method = "square",
log = FALSE,
pch = 16,
col = rainbow(11),
main = 'Stoerrelse og stadie',
xlab = 'Stadie',
ylab = 'Stoerrelse af primaere tumor'
)
boxplot(prostata$sz ~ prostata$sg,
data = prostata,
add = TRUE
)

Grafen kommer til at se således ud:

Beeswarm kombineret med boxplot. Er der en sammenhæng mellem størrelse og stadie her?

Subgrupper

Men datasættet er faktisk lavet på patienter der alle har modtaget behandling. I rx kolonnen kan man se om patienterne har fået placebo (altså bare en sukkerpille), 0.2, 1 eller 5 mg østrogen-behandling.

Siden jeg bare er interesseret i den ubehandlet udvikling af prostata-cancer, vil jeg prøve at lave en subgruppe med alle de patienter der har modtaget placebo, og dermed ingen behandling. Det gøres således:

prostata.sub <- prostata[prostata$rx == "placebo", ]

Nu kan vi køre graf-funktionerne fra før, bare med prostata.sub i stedet for prostata. Resultatet bliver således:

Subgruppe der ikke har modtaget behandling

Du kan læse mere om hvordan man laver subgrupper på denne hjemmeside.

Er der så en sammenhæng mellem størrelse og alvor af tumoren? Det er ikke muligt at vide alene med disse grafer – for at svare på det må vi istedet bruge nogle af de statistiske funktioner R har, men det bliver i et andet indlæg.

Men lad os lege med en enkelt overvejelse her: nemlig, at prostata’s størrelse vokser med alderen. Lad os inddele vores subgruppe i forskellige aldersgrupper og vise dem samlet.

Vi starter med at lave forskellige subgrupper:

prostata.sub0til60 <- prostata.sub[prostata.sub$age < 61, ]
prostata.sub61til70 <- prostata.sub[prostata.sub$age > 60 & prostata.sub$age < 71, ]
prostata.sub71til80 <- prostata.sub[prostata.sub$age > 70 & prostata.sub$age < 81, ]
prostata.sub81til100 <- prostata.sub[prostata.sub$age > 80 & prostata.sub$age < 101, ]


For at skabe et overblik, lad os fremstille alle grupper i den samme graf. Det gøres således:

par(mfrow=c(2,2))
beeswarm(prostata.sub0til60$sz ~ prostata.sub0til60$sg,
data = prostata.sub0til60,
method = "square",
log = FALSE,
pch = 16,
col = rainbow(11),
main = '0 til 60 aar',
xlab = 'Stadie',
ylab = 'Stoerrelse af primaere tumor'
)
boxplot(prostata.sub0til60$sz ~ prostata.sub0til60$sg,
data = prostata.sub0til60,
add = TRUE
)
beeswarm(prostata.sub61til70$sz ~ prostata.sub61til70$sg,
data = prostata.sub61til70,
method = "square",
log = FALSE,
pch = 16,
col = rainbow(11),
main = '61 til 70 aar',
xlab = 'Stadie',
ylab = 'Stoerrelse af primaere tumor'
)
boxplot(prostata.sub61til70$sz ~ prostata.sub61til70$sg,
data = prostata.sub61til70,
add = TRUE
)
beeswarm(prostata.sub71til80$sz ~ prostata.sub71til80$sg,
data = prostata.sub71til80,
method = "square",
log = FALSE,
pch = 16,
col = rainbow(11),
main = '71 til 80 aar',
xlab = 'Stadie',
ylab = 'Stoerrelse af primaere tumor'
)
boxplot(prostata.sub71til80$sz ~ prostata.sub71til80$sg,
data = prostata.sub71til80,
add = TRUE
)
beeswarm(prostata.sub81til100$sz ~ prostata.sub81til100$sg,
data = prostata.sub81til100,
method = "square",
log = FALSE,
pch = 16,
col = rainbow(11),
main = '81 til 100 aar',
xlab = 'Stadie',
ylab = 'Stoerrelse af primaere tumor'
)
boxplot(prostata.sub81til100$sz ~ prostata.sub81til100$sg,
data = prostata.sub81til100,
add = TRUE
)


Resultatet bliver:

Fire grafer i en

Jeg håber at eksemplerne her har forklaret lidt om hvordan man laver grafer i R (og ikke så meget andet end det).

Øllen tappes i en brygkande, som vi så brugte til at fylde flasker fra.

Det hele begyndte fordi en kammerat fra arbejde flere gange har brygget sin egen øl. De gør det absurd meget her i USA. Jeg investerede derfor i et start-kit fra Northern Brewer og startede med en “ekstrakt-øl” – det er en begynderøl, hvor man ikke skal tænke så meget selv.

Efter at have fuldt opskriften på selve brygdagen, så blev øllen smækket ned i vores kælder for at fermentere i 6 uger. De første par dage så det helt vildt ud – som man kan se i videoen herunder, så var der godt gang i fermenteringen.

Herefter døde den så helt ned igen. I dag har kæresten og jeg så smækket øllen på flaske. Der er blevet tilsat lidt ekstra suger for at starte gærcellerne lidt op igen og om to uger er øllen forhåbentlig drikkebar.

På med kapslerne...

Det er egentlig ikke særlig svært at komme igang og man kan læse enormt meget om ølbrygning. To gode sider er:

How to Brew og Reddit’s Homebrewing forum.

Der findes og mange gode og sjove ølbrygnings podcasts, fx The Jamil Show og Brewing TV.

Øllen får lov at stå to uger inden vi kan smage på dem

Via SMBC, en fantastisk nørdet web-comic.

Automatisk besked om nye tidsskrifter

De fleste videnskabelige journaler har efterhånden et RSS feed, så man let kan få besked når et nyt nummer, eller nye artikler udkommer.

Det er let at sætte op. Man skal bruge en RSS læser – jeg vil anbefale Google Reader, men der findes mange andre . For at koble tidsskriftet og Google Reader sammen klikker man sig ind på den journal, man er interesseret i, og søger efter et link der hedder noget i stil med ”RSS feed”, ”Web feed”, ”Article feed” eller har det karakteristiske RSS symbol vist til højre her i artiklen. Nogle gange skal man lede lidt efter det.

Klik ind på RSS feedet. Her kommer der som regel enten en masse tekst frem, eller et billede som et af de to der er vist herunder. Klik på Google-ikonet eller ”Subscribe now” og du skulle gerne blive transporteret til din Google konto, hvor du kan godkende, at du rent faktisk vil se dette feed fremover. Hver gang du besøger læseren vil du nu få besked, når nye artikler udkommer.

Når du har oprettet en konto på Google Reader, er det let at tilføje tidsskrifter. 1) Find tidsskriftets hjemmeside og deres RSS feed, 2) Klik på Google symbolet eller View Feed XML, 3) klik på Subscribe now og 4) Nyd de nyeste artikler fra din RSS læser.

Filtrer dine resultater

Men ak. Hvis du er ligesom mig, så føjer du alt for mange journaler til din læser og vupti – pludselig er der så meget, at det er umuligt at følge med. Enter Yahoo Pipes!

Pipes er et program, du kan sætte op til at sortere i RSS feeds (og meget andet data) og kaste et nyt filtreret resultat ud i den anden ende. Jeg har bruger det til at filtrer i en lang række journaler, så kun artikler med bestemte søgeord kommer igennem.

For at sætte det op skal du starte med at besøge Yahoo Pipes. Klik på ”My Pipes” og log ind – du kan enten oprette en Yahoo konto eller bruge din Google konto. Klik nu på ”Create a pipe”. Du kommer ind i et programmerings-miljø, hvor du hiver forskellige moduler ud på tegnebrættet, og kan sætte dem sammen som du har lyst – i dette tilfælde skal vi kun bruge to, nemlig ”Fetch Feed” (under Source) og ”Filter” (under Operators). Hiv dem ud på tegnebrættet.

Programmeringsmiljø i Pipes. Hiv Fetch Feed og Filter ud på tegnebrættet.

Åben et nyt vindue og find det RSS feed du gerne vil filtrere. Her vil jeg bare bruge Developmental Cell som eksempel – det er en fornem journal, men mange af deres artikler er ikke inden for mit interessefelt. Jeg vil i stedet bede Pipes om kun at vise mig artikler der indeholder ordene ”cancer” eller ”lymphocyt”.

Det første jeg skal gøre, er at finde deres feed. Det er lidt gemt, på journalens hjemmeside skal man først klikke Current Issue, herefter det lille RSS symbol og så på på linket under new issue and articles. I stedet for at klikke på ”Subscribe now” som når jeg gerne vil tilføje hele journalen, kopierer jeg link-adressen og sætter denne ind i ”Fetch feed” i Pipes. Dette fortæller Pipes, at jeg gerne vil bruge data fra dette feed.

Klik nu på den runde knap under ”Fetch Feed” og træk den over til ”Filter” – gør det samme fra ”Filter” ned til ”Pipe Output”.

Under Filter skal du nu vælge ”Permit” og ”Any”, således at der står ”Permit items that match any of the following”. Klik ned på ”Pipe output” og på refresh. I den grå boks under tegnebrættet burde der nu dukke en liste op – hver af disse er artikler, som ikke er filtreret endnu. Det hele skulle gerne se ud som på billedet herunder.

Nu vil jeg så gerne filtrere i de nyeste artikler fra journalen. Det foregår ved at indsætte søgeord under Rules i ”Filter” boksen. Vælg ”item.description”, ”Contains” og indtast så et søgeord. Klik på plus-ikonet og gør det samme for hvert søgeord du gerne vil have med i dit filter. Jeg tilføjer bare to, lymphocyt og cancer. Klik igen ned på ”Pipe output” og klik ”refresh”. Du burde nu se færre artikler på listen – resultatet er blevet filtreret. Du kan skrive så mange ind, du har lyst til og ændre ”any” til ”and”, hvis du gerne vil lave mere specifikke søgninger.

Oversigt over hvordan man filtrere artikler fra en journal. 1) Indsæt RSS feedets link-adresse, skrive søgeordene ind og forbind kasserne, 2) Gem din Pipe og 3) Går tilbage til Pipe oversigten og tilføjet Pipen til din Google Reader.

Klik nu på save og vælg et navn til dit filter. Vælg ”Back to my pipes”. Klik på dit nye filter og på Google symbolet eller ”Get as RSS”. Herfra foregår det på præcis samme måde, som når du henter et normal RSS feed ind i din RSS læser. Tilbage i din læser burde du nu se et feed, der minder om hvad du så i Pipe Output. På denne måde ser du kun de nye artikler tidsskriftet udgiver, der har din interesse.

Pipes kan et ton andre ting også, sikkert meget smartere jeg hvad jeg har beskrevet her, så leg endelig løs.

Når du har lavet din Pipe, skal du bare tilføje den til din RSS læser. Klik ind på din Pipe og så på Google symbolet eller "Get as RSS".

Få let adgang til artikler med PubMed

Der er flere fordele ved at lave en konto inde på PubMed. For det første kan man koble sin universitetskonto sammen med PubMed, således, at man automatisk får adgang til artikler, man finder derinde.

Det er meget let at sætte op. Man opretter en konto. Klikker på ens brugernavn og herefter på ”NCBI Site Preferences”. Under ”PubMed Preferences” kan man vælge ”Outside Tool”. Nu kommer der en liste over universiteter – de fleste danske ser ud til at være derpå. SDU findes under ”University of Southern Denmark”. Klik på ”Save”.

Næste gang du finder en artikel, vil der komme et lille ”SFX” logo oppe i højre hjørne, såfremt dit universitet har adgang til tidsskriftet. Klik på dette og så bliver du omstillet direkte til tidsskriftets hjemmeside, hvor du forhåbentlig kan hente artiklen ned eller læse den.

Sådan sætter du PubMed op, så du får direkte adgang til artikler

Modtag automatisk nye artikler der passer til dine søge-algoritmer

PubMed gør det også muligt, at gemme de søge-ord man bruger. Hver gang der kommer en ny artikel der matcher denne søgning, kan man så få tilsendt en mail med abstract og link til artiklen. Man søger bare som normalt og klikker så ”Save search” og vælger hvor ofte man vil modtage opdateringer. Jeg har selv gemt forskellige brede søge-termer og navnene på et par forfattere, jeg gerne vil følge med i hvad laver.

Man kan også vælge at gemme søgningen som et RSS feed, som jeg tidligere har skrevet lidt om hvad er. Inde i din ynglings RSS-læser, fx Google Reader, dukker de nye artikler, der matcher din søgning så op. Very good, som man siger. Very good indeed.

Gem søgninger og få automatisk besked når der kommer nye artikler

Tænk hvis vi kunne bruge immunforsvaret – stimulere det – til at bekæmpe kræftceller, på samme måde som det fx bekæmper en virus-infektion.

Jeg har længe haft lyst til, at gå i dybden med et forskningsprojekt, helst noget i nærheden af hele syntetisk biologi konceptet, så i efteråret søgte jeg efter laboratorier der arbejdede med immunterapi, der netop går ud på, at anvende immunforsvaret til at bekæmpe sygdom med. Et af dem var lokaliseret på MIT i Cambridge, og efter at have finpuset CV’et samt skaffet et par anbefalinger, skrev jeg en kort mail og spurgte om de ville have mig et år. Og nu sidder jeg så i Cambridge og nyder en Harpoon I.P.A.

Det lyder lidt lettere end det var; da jeg søgte ind på medicin, søgte jeg ved alle tre fakulteter i Danmark, for hvis man virkelig vil noget, så nytter det ikke altid noget at være kræsen. Med det i mente brugte jeg en del tid på, at finde forskellige laboratorier og herefter læse de artikler de havde publiceret, for at se om deres arbejde var spændende. Jeg endte med en liste med tre laboratorier som jeg skrev til; et hørte jeg aldrig fra, et skrev at de desværre ikke havde plads og det bedste af dem alle, sagde de gerne ville interviewe mig. Det var i september 2010 og herefter fik jeg travlt med at forberede emigrationen.

Jeg er ikke sikker på, at jeg nogensinde ville have søgt, hvis det ikke var fordi jeg for snart halvandet år siden mødte Morten Sommer. Den gang deltog jeg i iGEM 2009, og vores hold skulle præsenterer vores projekt ved en konference i Boston. Vi tog herover en ugen før og lidt heldigt nåede vi at skrive til Morten og høre om han ville vise rundt i hans laboratorie på Harvard; mødet endte med en lang snak om Boston og fordelene ved at tage sin uddannelse i udlandet. Det var meget inspirerende.

For at forstå hvorfor Boston er en helt speciel by for nørder som mig, så skal man bare kigge på de forskellige ranking-systemer der vurderer universiteter verden over; Times Higher Education har Harvard som nr. 1 og MIT som nr. 3 i verden (selvom alle jo ved, det burde være omvendt), men på top hundrede listen ligger også universiteter som Tuft University, Boston University og University of Massachusetts der alle ligger i eller omkring Boston. Både når det kommer til publikationer i de største journaler og til antal citationer, ligger Boston nr. 1. Jeg er bange for Odense ikke helt kan være med her.

Nu får jeg så lov at lege her et års tid og jeg er spændt. Boston er en dejlig by, campus er utrolig levende og et inspirerende sted at forske. Hvis du tænker på at komme ud i verden, så kan det kun anbefales.

Jeg fik min lille 9″ gadget i forrige uge efter lang tids overvejelse. Mit problem var følgende: jeg er bognørd og har meget svært ved at rejse uden bøger. Det ender altid med at jeg tager for mange med og min ryg får det tiltagende dårligt af at slæbe rundt på dem.

Mit nyeste legetøj. En dejlig Kindle, hvor man kan læse sine ynglings blogs på, pdf'er og meget meget mere.

Jeg har derfor i længere tid overvejet om man skulle opgradere til det 21. århundrede. Jeg havde kigget lidt på en iPad men efter at læse denne blog post, besluttede jeg at en Kindle var det rigtig valg. Bare for at nævne et par fordele: den holder batteri i op mod 4 uger (mod 2 dage med en iPad), den vejer 250 gram, er væsentligt billigere (ca. 1000,- kr) og så er skærmen god at læse på. Det er simpelthen to forskellige gadgets til to forskellige formål. Så begyndte jeg er overveje Kindlen.

PDF’er overalt

Det der virkelig fangede mig var muligheden for at kunne læse PDF’er på den. Rigtig meget af det jeg læser til dagligt er på PDF’s (artikler og slides fra studiet). Amazone har en service, hvor man kan maile pdf filerne direkte over på ens Kindle. Det betyder jeg kan gemme en artikel jeg synes er interessant og maile den til min Kindle, hvorefter jeg kan læse den næste gang jeg har tid. Smart!

Læs senere med Instapaper

En anden feature er muligheden for at synkronisere med Instapaper. Instapaper er en applikation, hvor man kan gemme hjemmesider, blogs og andet man finder på nettet. Man kan så klikke ‘Read Later’ og så gemmes teksten på ens Instapaper profil. Artiklerne kan man så læse senere når man har tid – og servicen kan sættes op til automatisk at synkronisere med ens Kindle. Sweet. Jeg bruger et lille program kaldt Ephemera (kun til mac – check dette pc program ud) til at styre det med, men man kan også sætte Instapaper op til at maile direkte til ens Kindle. Linket “Interessante artikler” til højre her på bloggen er iøvrigt et RSS feed af mine gemte artikler.

(Instapaper har iøvrigt også servicen Give Me Something To Read, der er et udvalg af de bedste artikler på nettet lige nu, bare hvis man ikke har noget at lave).

Læs klassikerne gratis

Der er også økonomiske argumenter bag (fortæller jeg ihvertfald mig selv).

Der er tonsvis af spændende, god klassikere, som man kan hente gratis ned fra hjemmesider som Planet PDF, eLibrary og sikkert mange flere. Project Gutenberg har over 33.000 bøger i deres samling og Perseus, der tilbyder tonsvis af antikke tekster og bøger. Med Google Book Downloader, kan man hente bøger ned fra Google Books (klik ind på advanced search og vælg full view only).

Læs dine blogs offline

Endelig så findes der en service kaldt Kindle Feed, der synkroniserer dine ynglings RSS feeds (fra dine ynglings blogs) direkte over på Kindle. Hvorfor sidde foran computeren og læse blogs, når man kan gøre det på den behagelige Kindle skærm?

What to do? Jeg har tænkt på, at ligge stilen om (endnu engang) til noget der passer lidt bedre til mit temperament og min tidsramme. Jeg er et projekt-menneske; de sidste års tid har jeg arbejdet på kunstigt liv, LEGO robotter, skrevet min første artikel (som forhåbentlig snart udkommer) og alt muligt andet underligt. Måske min blog også skulle afspejle dette?

Inspirationen kunne hentes fra sider som Third Ear der er skide godt lavet – kan enormt godt lide ideen om at lave få indlæg af høj kvalitet. En side som This Week In Virology er også helt fantastisk, men det er også tydeligt at professoren der skriver den dedikere enorme mængder tid til siden, noget jeg altid synes at mangle.

Nu må vi se hvad det ender med.

Bedste hilsner

Sammenhæng er ikke det samme som en årsagen; en hyppig årsag til fejl (tror jeg). Fra XKCD.

Jeg er ved at bevæge mig ind i en branche hvor fejl helst skulle minimeres. Fejl kan have fatale konsekvenser og derfor er det måske naturligt, at man er ekstra forsigtig med at indrømme dem. Det gør sig gældende både på studiet og ude på afdelingerne.

Men fejl er vigtig at indrømme. Man og andre bliver klogere når fejl bliver afdækket. Jeg havde æren af at tale med en klog og respekteret professor (der også har arbejdet som læge i mange år) i den forrige uge, og midt i det hele sagde han pludselig: “Man må aldrig blive stolt.“ Stoltheden vidner om en manglende respekt for hvor lidt vi egentlig ved og står dermed i vejen for at vi bliver klogere. Der var næsten noget Joda’sk over hans udsagn.

Se bare Andrew Wakefield, lægen der tilbage i 1998 skrev en artikel, der på baggrund af bare 12 børn, hævdede at der var en sammenhæng mellem autisme og vaccinationer. I den forrige uge, blev han dømt for uetisk opførsel i forbindelse med de forsøg han udsatte børnene for, ligesom hans artikel er blevet tilbagevist igen og igen. Men Wakefield nægter at skulle have gjort noget som helst forkert, både etisk og videnskabeligt. Det er lidt underligt, for mængder af beviser mod hans udsagn er enorm (hør dette glimmerende indslag på P1 Orientering for mere om Wakefield sagen). Hvad er det der gør, at vi er så dårlige til at acceptere vores mentale fejlslutninger?

Egoisme eller forfængelighed måske? For mig selv drejer det sig i hvert fald i høj grad om hvordan andre opfatter mig. Kan man stole på mig? Ja, synes jeg jo nok selv, men jeg kender efterhånden mig selv nok, til at jeg ofte bliver nød til at ændre standpunkt, som jeg bliver klogere.

I sidste uge skrev jeg således meget kritisk om de kritikere der har været af WHO og deres håndtering af svineinfluenzaen. Det har jeg også gjort på Ugeskrift for Lægers hjemmeside, men indlægget er jo nu gemt bag en betalings-væg, så jeg kan trøste mig med at ingen kommer til at læse det. WHO blev beskyldt for at være i lommen på medicinal industrien, hvilket jeg synes var noget sludder.

Men ak, jeg har nok været lidt for ukritisk. En af mine ynglings blogger, Ben Goldacre, har mottoet: “Jeg tror du vil finde ud af, at det er mere kompliceret end så“. Han har ret, og det gælder også for denne sag.

Journalen Nature kan nemlig afsløre, at WHO har afstemt sine pressemeddelelser og udmeldinger med lige netop medicinal industrien, hvilket kan undre temmelig meget. “Utroligt forstyrrende” udtaler Tido von Schoen-Angerer fra Læger uden Grænser. Om det er en fejl, kan man jo gisne om, men jeg kan i hvert fald konstatere, at de i så fald ikke har tænkt sig at indrømme det.

Og det er en fejl.